Von 1968 bis 1974 studierte Markus Baldegger Germanistik und Geschichte an den Universitäten Freiburg im Üechtland und in Bonn. Anschliessend arbeitete er bis 1980 als Lektor an der Universität Freiburg und verfasste zusammen mit Martin Müller, Anton Näf und Günther Schneider das didaktische Grundlagenwerk «Kontaktschwelle – Deutsch als Fremdsprache». Von 1981 bis 1984 absolvierte Baldegger ein Studium der Malerei bei Franz Dank im Fachbereich Kunst und Design der Fachhochschule Köln (den ehemaligen Kölner Werkschulen).

Markus Baldeggers künstlerisches Schaffen erreichte in den 1980er Jahren mit einer fast monochromen Malerei einen ersten Höhepunkt. Eine besondere Bedeutung kommt in seinen Werken der Farbe Gelb zu. Immer wieder untersucht er die Möglichkeiten dieser für ihn zentralen Farbe. Ende der 1990er Jahre brach Baldegger die Fläche auf und setzte rhythmisch nebeneinander liegende Farbflecken. Aus dem Nebeneinander der im Licht changierenden Formen entsteht ein lichtes Gewebe und somit neue Möglichkeiten eine Farbe darzustellen.

Ab 1983 jährliche Ausstellungen im In- und Ausland.

Markus Baldegger lebt und arbeitet zurzeit in Lontzen und Köln.

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